Schrodinger PyMOL

Schrodinger PyMOL3.0.3

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更新日期:2024年 5月 21日分类标签:语言:中文平台:没限制

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PyMOL 是一个由用户赞助的分子成像系统,由 Schrödinger 维护和分发。

分子成像程序已成为许多科学领域(包括计算化学和结构生物学)中极其有价值的工具。它们使我们能够以详细和定制的水平可视化和分析蛋白质、核酸和有机小分子等分子的结构,而这在实验室中是不可能实现的。

如今,使用计算机,您可以从专门网站(例如蛋白质数据库 (PDB))下载数千个蛋白质结构,并使用程序将它们可视化、旋转其结构、缩放感兴趣的原子、计算距离等。 ,只需几个简单的步骤。

这些工具可以帮助我们理解分子结构和功能之间的关系,并可用于设计和优化药物、研究蛋白质-配体相互作用,并通常获得蛋白质及其基本结构特征的可视化表示。

使用分子成像软件的一些好处包括提高我们对分子三维结构的理解的一般能力,从而揭示系统功能所需的结构特征。另一个重要的点是能够观察使用分子动力学(MD)模拟获得的系统的动态演化。最后,它们可用于为您的出版物或演示文稿创建高质量的图像和影片。

在本教程中,我将介绍 PyMOL 的基础知识,这是最著名的分子成像软件之一,以便您可以欣赏它的整体功能。

布局主要由三个部分组成。
顾名思义,显示区域是分子加载到 PyMOL 后将被显示和操作的地方。默认情况下,您可以通过拖动鼠标(分别为左键、右键、滚轮)或触控板(左键、右键、Ctrl+单击)来旋转、缩放和移动。

用于渲染和动画 3D 结构的综合软件包。

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